Table 2 List of Ty1-copia and Ty3-gypsy families that have amplified to greater than 1,500 copies in the genus Oryza
From: Dynamic Oryza Genomes: Repetitive DNA Sequences as Genome Modeling Agents
Species | Repeat | Count | Families |
|---|---|---|---|
O. brachyantha | Ty1-copia | 0 | – |
Ty3-gypsy | 0 | – | |
O. glaberrima | Ty1-copia | 0 | – |
Ty3-gypsy | 1 | RC1067 | |
O. punctata | Ty1-copia | 0 | – |
Ty3-gypsy | 3 | RC1067, SZ21, SZ50 | |
O. sativa | Ty1-copia | 0 | – |
Ty3-gypsy | 3 | RC1067, RIRE2, SZ27 | |
O. rufipogon | Ty1-copia | 1 | SZ5 |
Ty3-gypsy | 7 | RC1067, RIRE2, SZ7, SZ12, RIRE3, RIRE8, SZ42 | |
O. nivara | Ty1-copia | 0 | – |
Ty3-gypsy | 5 | RC1067, RIRE2, SZ12, RIRE3, RIRE8 | |
O. officinalis | Ty1-copia | 1 | SZ5 |
Ty3-gypsy | 9 | RC1067, RIRE2, SZ7, SZ21, SZ, RCS1, SZ36, SZ35, SZ45 | |
O. granulate | Ty1-copia | 2 | SZ5, SC22 |
Ty3-gypsy | 7 | RIRE2, SZ21, SZ112, RCS1, SZ42, SZ35, Osr31 | |
O. australiensis | Ty1-copia | 2 | SZ5, RIRE1 |
Ty3-gypsy | 12 | RC1067, RIRE2, SZ21, SZ12, RCS1, GypsyA, SZ36, SZ107, SZ62, GypsyB, SZ101, RETROSAT2 | |
O. alta | Ty1-copia | 4 | SZ5, RIRE1, SZ13, SZ27 |
Ty3-gypsy | 7 | RC1067, RIRE2, SZ7, SZ21, SZ112, SZ42, SZ45 | |
O. minuta | Ty1-copia | 4 | SZ5, SZ13, SZ27, SZ3 |
Ty3-gypsy | 13 | RC1067, RIRE2, SZ7, SZ21, SZ112, SZ12, SZ, RCS1, SZ42, SZ45, SZ35, GypsyA, SZ50 | |
O. ridleyi | Ty1-copia | 5 | SZ5, SC22, RIRE1, SZ13, SZ37 |
Ty3-gypsy | 11 | RIRE2, SZ7, SZ21, SZ12, SZ, RCS1, SZ42, SZ106, RIRE7, RC1174, SZ104 | |
O. coarctata | Ty1-copia | 6 | SZ5, RIRE1, SZ13, SZ6, SZ61, SZ30 |
Ty3-gypsy | 5 | SZ7, SZ21, SZ112, RCS1, SZ110 |